Agenda

Lundi 27 juin 2016, journée découverte Julia/Pythran, Campus de la Doua

Lundi 27 juin 2016, est proposée par LyonCalcul
une journée découverte Julia/Pythran
sur le site de la Doua.

Lieu : amphithéâtre de Polytech Lyon (plan d’accès)

Prérequis : avoir déjà une expérience de Python pour du calcul scientifique.

Inscription : requise (places limitées). Date limite d’inscription : vendredi 24 juin.

Programme : détails ici

Contact : Anne Cadiou

Mardi 31 mai 2016, journée calcul du LIP, Campus de la Doua

Le Laboratoire de l’Informatique du Parallélisme organise avec la
participation du Centre Blaise Pascal une journée scientifique sur le
thème de la recherche en informatique autour du calcul.

La journée aura lieu le mardi 31 mai et propose un tutoriel sur
l’utilisation de la plate-forme Grid’5000 le matin et des présentations
scientifiques l’après midi.

La journée est ouverte à l’ensemble des membres des laboratoires
d’informatique de Lyon ainsi qu’à la communauté “Lyon calcul”.

Plus d’informations sont disponibles ici

Pour des raisons d’organisation, il est nécessaire de s’inscrire sur ce
doodle avant mardi 24 mai

Lieu : centre Blaise Pascal à l’ÉNS Lyon

Contact : Simon Delamare

19 novembre 2015, TBB avancé, Campus de La Doua

Cette journée s’adresse à des personnes ayant une connaissance de base de TBB. Les points abordés seront : architecture de la bibliothèque, aspects avancés, performances. Une large place sera laissée à la discussion.

Orateur : Alexei Kukanov (INTEL)
Date et heure : 19 Novembre, de 10h à 17h
Lieu : Bâtiment Braconnier (accès), salle séminaire 2.
Contact : Thierry Dumont

1-5 décembre 2014, Formation OpenMP/OpenACC, Campus de La Doua

Dans le cadre d’equip@meso, du réseau régional LyonCalcul et du Groupe Calcul, et à la suite de l’atelier programmation multi/many-coeurs organisé en février, nous proposons une semaine de formation à la programmation en mémoire partagée.

Les deux modules porteront sur :

  • OpenMP "des bases vers l’expertise et OpenMP 4.0", présenté par Pierre-François Lavallée, IDRIS, 3 jours

Détails et inscription ici

16 juin 2014, Regards croisés sur le calcul, ENS Lyon

Nous vous proposons de participer à une journée intitulée "Regards croisés sur le calcul à Lyon" qui sera organisée au Laboratoire de l’Informatique du Parallélisme le lundi 16 juin 2014.

Cette journée de séminaires et de discussions sera l’occasion d’échanger autour des activités liées au calcul (HPC, Grilles, etc.) dans Lyon et sa région.

La journée aura lieu à l’ENS de Lyon, dans la salle ’UNESCO’, située Place de l’École, 69007 Lyon (voir aussi cette carte).

Des présentations auront lieu tout au long de la journée, et seront données par des chercheurs, ingénieurs et utilisateurs qui présenteront un résultat de recherche, une plateforme de calcul, un outil, un retour d’expérience, etc.

Pour des raisons d’organisation, merci de vous inscrire en envoyant un mail à : simon.delamare@ens-lyon.fr

Voici le programme de la journée :

  • 9h30 - 10h15 : Anne Cadiou (LMFA) : Simulation numérique massivement parallèle, calcul haute performance et big data.
  • 10h15 - 11h00 : Sorina Pop (CREATIS) : VIP et GateLab : retour d’expérience
  • 11h00 - 11h30 : Pause Café
  • 11h30 - 12h15 : Frederic Suter (IN2P3/LIP) : Le CC-IN2P3, un outil de pointe au service de la recherche
  • 12h15 - 14h00 : Pause Déjeuner
  • 14h00 - 14h45 : Emmanuel Quemmener (CBP) : SIDUS : un "couteau suisse" pour l’expérimentation numérique (en reproductibilité) ?
  • 14h45 - 15h30 : Olivier Richard (LIG) : Le gestionnaire de tâches et ressources OAR et son écosystème
  • 15h30 - 16h00 : Pause Café
  • 16h00 - 16h45 : Jean-Yves L’Excellent (LIP) : Le solveur MUMPS, plateforme de recherche et outil pour les applications de calcul scientifique.
  • 16h45 - 17h30 : Jean-Patrick Gelas (LIP) : Propositions pour améliorer l’efficacité énergétique des Data Centers et des Clouds

Cette journée va précéder l’école des utilisateurs de Grid’5000, qui aura lieu à l’ENS Lyon toute la semaine. Il sera possible d’y apprendre l’utilisation de cette plateforme et d’assister aux présentations des chercheurs invités. Plus d’information sur cette page : www.grid5000.fr/w/Grid5000:School2014

Voici le résumé des différentes présentations :

* Anne Cadiou (LMFA) : Simulation numérique massivement parallèle, calcul haute performance et big data.

Les simulations massivement parallèles génèrent un volume croissant de données, dont l’exploitation sollicite de toujours plus grandes ressources en terme de stockage, d’efficacité réseau et de capacité de calcul, dédié au post-traitement. Un besoin émerge pour de nouvelles stratégies d’analyse et de visualisation des résultats issus de ces simulations.

L’expérience de notre équipe dans le cadre d’un projet PRACE et les solutions originales mises en oeuvre au mésocentre de l’université de Lyon, pour l’analyse des écoulements transitionnels et turbulents en développement spatial et temporel, seront exposées.

* Sorina Pop (CREATIS) : VIP et GateLab : retour d’expérience

Le portail VIP/Gate-Lab (https://vip.creatis.insa-lyon.fr) compte plus de 550 utilisateurs enregistrés et donne accès à une dizaine d’applications qui s’exécutent de manière transparente sur les ressources de calcul distribué de l’organisation virtuelle (VO) biomed dans EGI (European Grid Infrastructure). A travers ce portail web, les utilisateurs ont la possibilité de s’authentifier, lancer l’exécution d’une application, la suivre ou bien accéder à l’historique et aux résultats des exécutions précédentes. Le transfert de données vers et depuis les éléments de stockage est géré aussi par la plate-forme. De nouvelles fonctionnalités, telles que des catalogues de modèles et des ontologies, ont été ajoutées pour faciliter l’intégration et l’échange de modèles et de nouvelles applications.

Démarré en 2010 dans le cadre de l’ANR VIP, le portail est devenu aujourd’hui un outil quotidien pour ses utilisateurs qui y font tourner des simulateurs et des algorithmes de traitement d’images médicales. A titre d’exemple, en 2013, plus de 2200 exécutions réussies ont été lancées par 90 utilisateurs différents. Le temps CPU moyen consommé en 2013 a été de 627 années CPU. D’après les statistiques publiées par la grille de calcul européenne EGI, le portail VIP est l’un des plus utilisés pour accéder à cette infrastructure. Pour proposer ses services de bout en bout, la plateforme VIP/Gate-Lab s’appuie sur des ressources comme le moteur de workflows MOTEUR et le système de jobs-pilotes Dirac. Elle utilise d’ailleurs l’instance nationale du service Dirac mise en production pour plusieurs communautés scientifiques. Déployée au CC-IN2P3, cette instance nationale est administrée à tour de rôle par des experts localisés dans plusieurs laboratoires. Cette organisation permet de répartir la charge de travail sur plusieurs sites et d’obtenir un meilleur résultat en termes de support aux utilisateurs.

Le succès de VIP est dû, d’un côté, au travail effectué au niveau de l’interface homme-machine et à sa facilité d’utilisation et, de l’autre, aux optimisations mises en place pour garantir de bonnes performances. Plus particulièrement, des stratégies d’équilibrage de charge et d’auto-administration ont été développées pour améliorer la qualité de service fournie par la plate-forme.

* Frederic Suter (IN2P3/LIP) : Le CC-IN2P3, un outil de pointe au service de la recherche

Le Centre de Calcul de l’Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules (CC-IN2P3) est une Unité de Service et de Recherche du CNRS. Classé parmi les grandes infrastructures françaises de recherche, il a pour vocation de fournir des moyens de calcul et de stockage de données, en particulier aux chercheurs impliqués dans les expériences de physique corpusculaire et d’astroparticule mais aussi dans une moindre mesure aux laboratoires universitaires. Dans cet exposé, nous reviendrons sur l’infrastructure technologique mise en place au service des expériences, dont celles du LHC, l’accélérateur de particules qui a permis la découverte du boson de Higgs.

* Emmanuel Quemmener (CBP) : SIDUS : un "couteau suisse" pour l’expérimentation numérique (en reproductibilité) ?

Le Centre Blaise Pascal est LA "maison de la modélisation" lyonnaise. Trait d’union entre la recherche et la technologie, le CBP explore entre autres, au travers des projets des numériciens, les nouvelles tendances en matière de calcul scientifique : la mise à disposition de plateaux techniques (multi-noeuds, multi-coeurs, GPU, architectures exotiques, visualisation 3D) et ces explorations exigent le développement d’outils permettant de simplifier les tâches de son seul administrateur système. SIDUS (pour Single Instance Distributing Universal System) est un de ces outils !

Fonctionnelle depuis presque 4 années au CBP, cette approche SIDUS sert de socle en imposant instantanément une unicité de l’OS sur tout un parc de machines à étudier, de manière indépendante ou collaborative : elle a ainsi largement contribué au choix de GlusterFS comme choix de système de fichiers distribué temporaires, à comprendre la variabilité qui affectait nombre de simulations sur des matériels récents ou anciens.

EQ détaillera dans son exposé les ressources du Centre Blaise Pascal, leur accès aux équipes de recherches, SIDUS qu’il a développé et contribué à intégrer au PSMN (et à l’IGFL) ainsi que les sources de variabilités dans les équipements informatiques qu’il a découvertes grâce à SIDUS ces dernières années au travers de plusieurs projets sur le stockage ou les architectures hybrides.

* Olivier Richard (LIG) : Le gestionnaire de tâches et ressources OAR et son écosystème

OAR est un gestionnaire de tâches et de ressources, aussi appelé (batch scheduler), qui est utilisé en production depuis plus de 10 ans pour l’exploitation de clusters et d’infrastructures moins classique comme les plate-formes dédiées à l’expérimentation. Ses qualités de polyvalence et de capacité de personnalisation le distinguent des logiciels concurrents.

Au cours des installations et des développements successifs un écosystème s’est développé qui a donné naissance à une variété d’outils répondant à des besoins particuliers. On peut citer entre autres la gestion de tâches pour les grilles légères (/CiGri/), le monitoring de tâches (/Colmet/), la génération d’appliance (/Kameleon/), l’exploitation pour le calcul d’intranet (/ComputeMode/).

Finalement, les développements en cours suivent les évolutions technologiques des plate-formes matérielles visées (complexité architecturale et passage à l’échelle) ainsi que les évolutions d’usages (sélection de ressources avancées, interactions automatiques, virtualisation).

* Jean-Yves L’Excellent (LIP) : Le solveur MUMPS, plateforme de recherche et outil pour les applications de calcul scientifique

MUMPS (MUltifrontal Massively Parallel Solver) est un outil pour la résolution parallèle de systèmes linéaires creux par des méthodes directes. Depuis le début de cette activité en 1996, le logiciel MUMPS nous sert à la fois d’environnement d’expérimentation pour nos recherches et de valorisation de nos travaux auprès des utilisateurs, notamment des industriels. Nous présentons quelques aspects du projet et de ses perspectives logicielles.

* Jean-Patrick Gelas (LIP) : Propositions pour améliorer l’efficacité énergétique des Data Centers et des Clouds

Mots clés : Cloud, efficacité énergétique, Green IT

Les technologies de l’information sont aujourd’hui responsables de près de 2% des émissions de CO2 (soit l’équivalent de celles du transport aérien). 23% de ces émissions sont provoquées par les centres de calcul de plus en plus grands et nombreux (en 2007 ils consommaient 623 milliards de kWh). La consommation des centres de calcul comme ceux de Amazon, Google, Facebook ou Microsoft peuvent consommer chacun l’équivalent de 180.000 foyers. Depuis quelques années, avec l’engouement pour le GreenIT, les centres investissent dans différentes solutions pour réduire leur consommation et donc leur facture électrique (sans oublier d’améliorer leur image de marque auprès du grand public).

Dans la pratique beaucoup de serveurs sont sous utilisés. Pour tirer meilleure partie de leur plein potentiel une solution très classique aujourd’hui est l’usage de la virtualisation qui permet à plusieurs applications de fonctionner sur un même serveur physique de manière isolée. Cette technique est à l’origine des infrastructures de type Cloud. Aujourd’hui, si le Cloud était un pays, il aurait la 5ème position des pays qui consomment le plus d’électricité (La France 9ème (447milliards kWh) consomme moins !). Cette présentation débutera donc par une introduction sur l’impact énergétique des technologies de l’information sur notre planète en appuyant notre discours sur des résultats obtenus non seulement dans la littérature scientifique mais également à partir des travaux de recherche et de mesures expérimentales de consommation énergétique que nous menons au laboratoire LIP au sein de l’équipe INRIA Avalon depuis quelques années. Puis nous proposerons de présenter et de discuter un ensemble de solutions, pour améliorer l’efficacité énergétique des centres de calcul et des Clouds et donc de minimiser leur impact écologique sur la planète.

Sources et liens :
Koomey : Data Center Energy Use is Moderating
How clean is your cloud ? (Greenpeace)
Kwapi in action : http://greencloud.ens-lyon.fr/kwapi

24-25 février 2014, Ateliers LyonCalcul, Campus de La Doua

Le réseau LyonCalcul propose au plus grand nombre (expérimenté(e)s ou non) de participer à des ateliers didactiques sur le thème de la programmation multi/many-coeurs .

Comment bien penser la division du travail entre les coeurs disponibles ? Comment implémenter ses algorithmes pour des multi-coeurs classiques, des Xeon Phi ou des GPU ?

Programme des ateliers

Pour toute question, merci d’envoyer un mail à :

16-17 octobre 2013, Inauguration des nouvelles plateformes de calcul de la FLMSN, Campus de La Doua

Le réseau LyonCalcul encourage à participer à l’inauguration des nouvelles plateformes de calcul haute-performance de la Fédération Lyonnaise de Modélisation et Sciences Numériques, structure fédérative de recherche commune à l’université Lyon1, L’ENS Lyon, l’ECL et l’INSA De Lyon, cofinancée par le projet national d’équipement d’excellence Equip@Meso et le CPER CIRA (Calcul Intensif en Rhône-Alpes).

Plus de détails ici

2-6 septembre 2013, Ecoles Jeunes scientifiques "Découverte du Calcul Hautes Performances", Campus de La Doua

La région Rhône-Alpes et les réseaux calcul lyonnais LyonCalcul et grenoblois MaiMoSINE proposent une école "jeunes scientifiques" autour de la DECOUVERTE DU CALCUL hautes performances (HPC).

Cette école est destinée aux masters 1 et 2, ainsi qu’aux jeunes
doctorants, de toutes disciplines, issues des pôles universitaires de la
région Rhône-Alpes. Elle se déroulera à Lyon, campus de la Doua, du 2 au
6 septembre 2013, les FRAIS des participants seront PRIS EN CHARGE par
l’école.

Il s’agira d’adopter une approche multidisciplinaire destinée à
permettre aux participant(e)s de découvrir plusieurs facettes des outils
HPC au coeur du processus de recherche.

Détails et transparents ici

Les organisateur(rice)s : Violaine Louvet et Vincent Miele

http://www.arc6-tic.rhonealpes.fr/

http://lyoncalcul.univ-lyon1.fr

http://www.maimosine.fr

13-15 mai, Formation PETSc, Campus de La Doua

Le réseau LyonCalcul et le Groupe Calcul organisent du 13 au 15 mai une formation à l’utilisation de la bibliothèque PETSc. Cette formation est la même que celle qui a été proposée au niveau national dans le cadre d’equip@meso par le Groupe Calcul et la Maison de la Simulation. Le programme est donc accessible sur la page suivante :

http://www.maisondelasimulation.fr/...

Le nombre d’inscrits est limité à 25. La formation aura lieu sur le campus de la Doua, à l’Institut Camille Jordan (salle 112, 1er étage, accès) .
Horaires : début à 9h30 le premier jour, 9h les autres jours, fin à 17h30 et à 17h le dernier jour.

Pour s’inscrire : merci d’envoyer un mail à louvet@math.univ-lyon1.fr

Pour rappel, PETSc est une bibliothèque dédiée au calcul scientifique parallèle :
- gestion de matrices et vecteurs parallèles
- solveurs parallèles de systèmes linéaires
- solveurs type Newton parallèles
- solveurs parallèles d’ODE

Elle permet de paralléliser assez facilement les parties calculatoires d’un code.

https://www.projet-plume.org/fr/fiche/petsc

6 mai, Formation VTune, Campus de La Doua

Formation au logiciel VTune d’aide à l’optimisation de codes séquentiels et parallèles.

Cette formation gratuite est ouverte à tous dans la limite de 15 places.

Elle aura lieu à l’Institut Camille Jordan, salle 112, de 10h à 17h.

Merci de vous inscrire en envoyant un mail à louvet@math.univ-lyon1.fr.

16 avril, Séminaire LyonCalcul, Centre Blaise Pascal

  • 11h15-12h : Thierry Dumont (ICJ)
    Problèmes multi-échelles, méthodes multi-résolution et machines multi-coeurs.

Pour accéder à la salle de conférence du Centre Blaise Pascal :
se présenter à l’accueil de l’ENS
ET
être inscrit sur la liste de diffusion lyoncalcul ou se munir d’une pièce d’identité (ou nous contacter au préalable).


Résumés

  1. Le compilateur, un maillon essentiel de la performance des codes.
    PDF - 2.6 Mo
  1. Problèmes multi-échelles, méthodes multi-résolution et machines multi-coeurs.
    PDF - 1.3 Mo

14 décembre, Séminaire LyonCalcul, Campus de La Doua

MPEG4 - 2.6 Mo

Pour venir à la BU Sciences, des détails ici.

Résumés

  1. Unveiling some Mysteries of Application Performance on Multi-/Manycore Processors.
    The multicore trend has brought forth a variety of computer architectures suitable for numerical simulation. Nowadays there is no longer a single driving force for numerical performance. To make efficient use of the hardware the programmer must address multiple architectural features at the same time – otherwise he will face a performance time warp to the early 2000’s. The talk will give an overview of modern multi-/manycore architectures and point out essential programming issues which are prerequisite to further benefit from advancements in processor technology.

    Gerhard Wellein holds a PhD in solid state physics from the University of Bayreuth, Germany and is a professor at the Department for Computer Science at the University of Erlangen-Nuremberg. He leads the HPC group at Erlangen Regional Computing Center (RRZE) and has more than ten years of experience in teaching HPC techniques to students and scientists from computational science and engineering programs. His research interests include solving large sparse eigenvalue problems, novel parallelization approaches, hybrid parallel programming, performance modeling, and architecture-specific optimization.
    He is co-author of the oustanding book "Introduction to High Performance Computing for Scientists and Engineers (2010)".
    Some links about his recent activities :
    http://www.skalb.de/skalb_en.php http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1877750311000342 http://www.isc-events.com/isc12_ap/eventdetails.php?t=event&o=240&a=select&ra=search http://hpc.pnl.gov/conf/CCPE12-PPHPS/ http://sc12.supercomputing.org/schedule/event_detail.php?evid=tut161

  2. Simulation sur les nouvelles architectures massivement parallèles : un exemple en mécanique des fluides
    Le développement des nouvelles architectures multi-coeurs massivement parallèles permet d’envisager la simulation numérique d’écoulements de fluides avec une très grande résolution, ce qui était jusqu’alors difficilement accessible. La réalisation pratique de ces calculs pétaflopiques par des méthodes spectrales nécessite de revisiter en profondeur les algorithmes parallèles et la stratégie globale de leur mise en oeuvre. L’expérience de notre équipe sera exposée.
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